La storia è testimoniata da ritrovamenti risalenti al Neolitico e all'età del bronzo; fu colonia romana a partire dal 314 a.C. e qualche anno più tardi fu quartiere generale delle truppe di Pompeo.

Nel I secolo a.C. venne costruito un Anfiteatro in onore di Ottaviano Augusto, primo imperatore romano (27 a.C. - 14 d.C.).
Si giunse in seguito al cosiddetto periodo Federiciano, epoca in cui Federico II fece erigere qui la sua dimora, il Palatium, attorniato da mura che formano la fortezza svevo ? angioina; morto Federico II, Carlo II d'Angiò assediò la città e la distrusse completamente: i Musulmani vennero uccisi e al posto della Moschea fu eretta la Cattedrale dell'Assunta, patrona della città, nonché esempio di stile gotico ? angioino del Trecento.
Con il progredire degli anni Lucera divenne capoluogo della Capitanata (regione storica delle Puglie corrispondente alla provincia di Foggia così chiamata per essere governata da alcuni funzionari detti catapani) e del Contado del Molise.

Tra le Valli molisane e il Tavoliere delle Puglie, dunque, si situa una città tutta da scoprire grazie al suo ricco patrimonio artistico fatto di Chiese e importanti monumenti.